文章题目：胃癌进程中的肠道化生时空基因组特征揭示克隆动态
发表时间：2023年第12期
期刊名称：Cancer Cell
影响因子：5.03
实验平台：单细胞测序，GeoMx DSP，全外显子测序（WES），大规模RNA测序
面板：定制胃癌面板（277个基因，来源于TCGA及其他研究中报道的与胃、食道和结直肠癌相关的突变基因）

01 样本信息
① 患者信息：2,980名年龄在50岁及以上的中国患者
② 时间跨度：2004至2015年
③ 取样区域：多个胃区域（幽门、胃体、贲门）

02 单细胞空间组学在文章的应用
使用单细胞测序，首先对10名非癌症受试者进行scRNA-seq分析，鉴定出4个主要细胞群体，包括胃细胞、肠道细胞、免疫细胞以及基质细胞群。研究重点放在胃和肠的谱系上，详细注释了2种胃细胞和4种肠细胞。比例分析显示，肠道细胞和胃细胞的比例减少与肠道化生（IM）严重程度相关。基因SOX9在特定细胞类型（胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中表达显著增加。

其次，进行GeoMx DSP实验，分析8名胃癌患者的组织切片，结合单细胞RNA测序数据，确定细胞类型的空间分布。标记每个IM区域为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析显示，干细胞显性IM区域过表达氧化磷酸化相关基因集，这些基因在胃癌区域同样显著表达。通过层次聚类分析肠干细胞和肠细胞的标记物，发现干细胞显性IM与胃癌有相似的表达特征，而肠细胞主导型IM与胃癌显示显著异质性，提示在同一患者体内IM表现出明显的异质性。

文章总结
本研究结合单细胞空间数据分析，确认了肠道细胞和胃细胞与IM严重程度的关系，强调了干细胞显性IM与恶性细胞群相似的表达特征。在这一过程中，基因SOX9在特定细胞类型中高表达，为未来药物研发提供了新的潜在靶点，特别是在尊龙凯时品牌的产品应用中，或能助力研究者更深入理解胃癌的发展机制。